Novíciusként szobájából idegen hangokat, ordítást, sikítást hallottak rendtársai. Felszentelése után fájdalmat érzett tenyerén, talpán és mellkasán. 1918. szeptember 20-án erősen vérző, s meg nem alvadó stigmák jelentek meg a fájdalmak helyén. Mindeközben erős jázminillat lengte körül. A következő esztendőben a szenzáció elterjedt szerte a világban, s megannyi tudós, egyházi személy, orvos vizsgálgatta az atyát. Halála közeledtével, 1968-ban, a sebek megjelenésének 50. évfordulóján a stigmák eltűntek testéről.
Szemtanúk emlékei szerint a szentmisék számára sajátos meditációk voltak, amelyek során olyan világba került, ahová a jelenlevők közül senki sem tudta követni. A teológia gyakorlati alkalmazásáról úgy tartotta: imádkozz, remélj és ne aggodalmaskodj. Lelki vezetőként öt szabályt jelölt meg a lelki növekedés érdekében: heti gyónás, napi áldozás, lelki olvasmány, elmélkedés és lelkiismeret vizsgálat.
Kispap korában látogatást tett nála Karol Wojtyla, akinek megjósolta, hogy pápa lesz. A stigmák mellett rendelkezett a bilokáció csodájával, azaz egyszerre tudott megjelenni két helyen, így járt Mindszenty József bíboros börtöncellájában. Pio atya nem kizárólag a későbbi II. János Pál pápának jövendölt, de Magyarországról is.
„Magyarország egy olyan kalitka, amelyből egyszer még egy gyönyörű madár fog kirepülni. Sok szenvedés vár még rájuk, de egész Európában páratlan dicsőségben lesz részük. Irigylem a magyarokat, mert általuk nagy boldogság árad majd az emberiségre. Kevés nemzetnek van olyan nagyhatalmú őrangyala, mint a magyaroknak és bizony helyes lenne erősebben kérniük hathatós oltalmát országukra.”
Az atya tiszteletére a világon először hazánkban, Nyírcsászáriban szenteltek templomot. Szentté 2002. június 16-án Szent II. János Pál pápa avatta.
