Falus Ferenc dolgozott mentőorvosként az Országos Mentőszolgálatnál, majd tüdőgyógyászként az Országos Korányi TBC és Pulmonológiai Intézetben. Később a Semmelweis Orvostudományi Egyetem Pulmonológiai Klinikájának osztályvezető egyetemi adjunktusa lett.
1995-ben az újonnan alakult Magyarországi Otthonápolási és Hospice Egyesület első elnöke lett. 2001 decemberétől 2007-ig a Fővárosi Önkormányzat Nyírő Gyula Kórház főigazgatójaként tevékenykedett. Az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálat (ÁNTSZ) vezetését 2007. február 1-től látta el, 2010. július 7-i hatállyal bizalomhiány és az ÁNTSZ működésével kapcsolatos problémák miatt felmentették tisztségéből. Azóta két családi vállalkozásból élt.
A 2010-es években aktívan bekapcsolódott az ellenzéki pártpolitikába. 2014-ben a főpolgármester-választáson Tarlós István ellenzéki kihívója volt, végül nem idnult a választáson, visszalépett a jelöltségtől.